Głównym narzędziem walki z innowiercami była powołana w XIII wieku inkwizycja. Jej brutalne metody działania ( tortury) nie przyniosły oczekiwanych rezultatów. Dlatego w roku 1545 zwołano sobór w Trydencie.

 Obradował on przez 18 lat i potępił naukę Lutra. Dzieła napisane przez innowierców lub nie zgodne z nauką Kościoła zostały wciągnięte na Indeks Ksiąg Zakazanych, a ich autorów postanowiono postawić przed sądem inkwizycyjnym.Ustalono jednolitą liturgię,potwierdzono siedem sakramentów świętych,zakazano nepotyzmu i obejmowania wielu stanowisk przez jedną osobę . Biskupi mieli zakładać seminaria duchowne i kolegia.Zaostrzono dyscyplinę wśród duchowieństwa.Zreformowano szkoły parafialne.Szczególną rolę w walce z reformacja odegrał zakon jezuitów( jego twórcą był Ignacy Loyola -na zdjęciu).Dalsze reformy kościoła to ustanowienie urzędu nuncjusza,którego zadaniem było reprezentowanie interesów kościoła w poszczególnych państwach, oraz powołano kongregacje mające za zadanie usprawnić działanie kościoła katolickiego. W roku 1582 papież Grzegorz XIII zreformował kalendarz.. W roku 1618 wybuchła wojna religijna zwana w historii wojną trzydziestoletnią . Po jednej stronie stanęli protestanci i państwa je popierające ,a po drugiej Liga Katolicka i jej zwolennicy. Wojna zakończyła się pokojem westfalskim w roku 1648. Porozumienie pogłębiło rozbicie polityczne i religijne Niemiec.